تعود جذور تأسيس جامعة اغدير الى معهد اغدير للتدريب المهني الذي افتتح عام 1955 المرتبط بجامعة القوقاز وبدأ بتقديم خدماته في العام نفسه لعشرين طالب و 16 معلم . وخلال فترة قصيرة بدأ المعهد بالنمو المستمر وبثمانية برامج تعليم رسمية و 5 برامج ثانوية اصبح المعهد يقدم خدماته ل 1500طالب وطالبة .
وفي سنة 2001 بدأت المدينة المعروفة بغناها في مجال الزراعة بمحاولاتها من اجل تأسيس كلية في المنطقة , حيث تم ذلك في عام 2006 وتأسست كلية الزراعة المرتبطة بجامعة القوقاز . وبدأت الكلية تقدم خدماتها ابتداءا من السنة الجامعية 2008 / 2009 واستقبلت 30 طالبا في سنتها الاولى , وفي العام نفسه اقرت تأسيس جامعة اغدير وتعيين البروفسور الدكتور ابراهيم حقي يلماز رئيسا للجامعة , وبدأت الجامعة بشكل فعلي في تقديم خدماتها للطلبة , كما تم تعيين كلا من الدكتور البروفسور محمد فائق يلماز والدكتور البروفسور امين اردم والدكتور البروفسور شكري بيدمير مساعدين لرئيس الجامعة .