تعتبر جامعة اسطنبول احدى الجامعات الحكومية العريقة وتعتبر الأقدم والأضخم في تركيا، حيث يعود تاريخ إنشائها إلى عام 1453م بعد فتح إسطنبول على أيدي الجيش العثماني بقيادة السلطان محمد الثاني ( الفاتح )
في بادئ الأمر أسس محمد الفاتح جامعة إسطنبول على شكل مدرسة تعليمية، وبعد تأسيسه لهذه المدرسة، بدأ يتوافد إليها أغلب العلماء من سمرقند إلى فاس بعد دعوة محمد الفاتح الرسمية لهم.
بدأت المرحلة التعليمية في جامعة اسطنبول بكنيسة أيا صوفيا، التي تم تحويلها إلى مسجد بعد فتح إسطنبول، وكنيسة زايراك المجاورة لأيا صوفيا، وتعد هاتان الكنيستان الجذور الهيكلية الأساسية لجامعة إسطنبول.